Binh đoàn sản xuất và xây dựng Tân Cương nằm dưới quyền quản lý song song của chính phủ trung ương Trung Quốc và đảng ủy khu tự trị Duy Ngô Nhĩ Tân Cương, được hưởng quyền hạn cấp tỉnh, và thực hiện kế hoạch phát triển kinh tế và xã hội riêng. Các công việc đảng và thuế trong binh đoàn do khu tự trị Tân Cương quản lý, tuy nhiên các vấn đề hành chính, tư pháp, kinh tế, tài chính và các vấn đề khác do chính phủ trung ương quản lý, chính phủ trung ương giao cho Binh đoàn quản lý nội bộ các vấn đề hành chính, tư pháp dựa theo quy định của pháp luật quốc gia. Trên phương diện thống kê, nhân khẩu và diện tích của Binh đoàn thường được liệt vào trong số liệu thống kê của chính quyền địa phương (ngoại trừ các đô thị của Binh đoàn).

Binh đoàn sản xuất và xây dựng Tân Cương chủ yếu thi hành chế độ ba cấp: binh đoàn, sư [đoàn] và đoàn. Ở cấp binh đoàn có ba chức vụ chủ yếu là chính trị ủy viên thứ nhất, chính trị ủy viên và tư lệnh viên. Ở cấp sư đoàn, có hai chức vụ chủ yếu là chính trị ủy viên và sư đoàn trưởng. Ở cấp đoàn, ngoài đoàn trường ra, còn có nông trường và mục trường, vì thế thường gọi là "nông mục đoàn trường". Bộ tư lệnh Binh đoàn sản xuất và xây dựng Tân Cương đặt tại Urumqi.

Chính trị ủy viên thứ nhất của binh đoàn do bí thư đảng ủy khu tự trị Duy Ngô Nhĩ Tân Cương kiêm nhiệm. Chính trị ủy viên và tư lệnh viên của binh đoàn cũng do phó bí thư đảng ủy và phó chủ tịch khu tự trị Duy Ngô Nhĩ Tân Cương kiêm nhiệm, do Trung ương Đảng và Quốc vụ viện trực tiếp bổ nhiệm.

Tại tổng bộ của binh đoàn, sư bộ của các sư đoàn, khu khai khẩn tập trung của các đoàn trường, người ta thiết lập cơ cấu cục công an, viện kiểm sát, tòa án ba cấp.

Từ những năm 1980 trở đi, Binh đoàn đã chuyển đổi từ liên đội vũ trang thành cảnh sát vũ trang, tái tổ chức bộ chỉ huy và các chi đội, đại đội, trung đội cảnh sát vũ trang Binh đoàn sản xuất và xây dựng Tân Cương. Vai trò quân sự của Binh đoàn cũng dần mờ nhạt, thay thế vị thế của nó là quân khu Tân Cương, một bộ phận của đại quân khu Lan Châu. Binh đoàn nay trở thành lực lượng dự bị, dân quân và một phân đội dân binh phản ứng khẩn cấp trong việc duy trì ổn định tại Tân Cương.

Các sư đoàn